生命科学前沿丛书 生物信息学方法与实践

生物信息学方法与实践
作　者： 张成岗，贺福初编著
出版时间：2002
丛编项： 生命科学前沿丛书
内容简介
　　本书是《生命科学前沿从书》之一，从应用角度对生物信息学的有关资源进行描述，提供重要软件的用法及其分析原理，介绍如何构建局域网内部的生物信息学综合分析平台。金书共分4章，以核酸和蛋白质序列分析为重点进行展开，分别介绍如何从本地化以及网络上使用生物信息学资源。本书面向不同层次读者，是一本实用性极强的操作指南，将进一步促进生物信息学在我国的推广普及、研究与应用。本书语言亲切，图文并茂，有具体而典型的实例。可供广大生物信息学入门和提高的读者参考使用。
目录
总序
序
前言
第1章生物信息学基础
1.1计算机网络及计算.机)环境简介
1.1.lWEB中的部分生物信息学资源简介
1.1.2WEB中的重要搜索工具
1.1.3WEB中的部分生物信息学相关新闻组资源参考
1.1.4使用基于网络的工具
1.1.5电子邮件.e-mail)服务
1.1.6匿名FTP服务-获得软件的重要途径
1.1.7网络规则-索取与奉献
1.1.8从事生物信息学研究应掌握的计算机语言
1.2生物信息学数据库及其分析
1.2.1基本数据库
1.2.1.lDNA数据库
1.2.1.2基因组数据库
1.2.1.3蛋白质序列数据库
1.2.1.4蛋白质结构数据库
1.2.2常用数据库
1.3基本序列数据库注释及序列格式
1.3.1基本序列数据库注释
1.3.2序列格式
1.4信息检索系统
1.4.]SRS序列检索系统
1.4.2Entrez信息检索系统
1.4.3DBGET/LinkDB检索工具
1.5序列对齐分析
1.5.1记分矩阵
1.5.2空位罚分.
1.5.3两两对齐分析
1.5.4多重序列对齐分析
1.5.5序列对库的对齐检索分析
1.5.5.1BLAST检索服务
1.5.5.2FASTA检索服务
1.5.5.3Bl1tZ蛋白质序列对库检索服务
1.5.6同源性有效的意义判据
第2章核酸序列分析
2.1核酸序列的检索
2.2核酸序列的基本分析
2.2.l分子质量、碱基组成、碱基分布
2.2.2序列变换
2.2.3限制性酶切分析
2.2.4克隆测序分析
2.2.4.1测序峰图查看
2.2.4.2核酸测序中载体序列的识别与去除
2.2.4.3其他人工序列的分析与去除
2.3核酸序列的电子延伸
利用Un1Gene数据库进行电子延伸
2.4基因的电子表达谱分析
2.4.1利用UniGene数据库进行电子表达谱分析
2.4.2利用Tigem的电子原位杂交服务器进行电子表达谱分析
2.5核酸序列的电子基因定位分析
2.5.1利用STS数据库进行电子基因定位
2.5.2利用UniGene数据库进行电子基因定位
2.5.3直接利用基因组序列进行电子基因定位
2.6CDNA对应的基因组序列分析
2.6.1通过从NCBI查询全部基因组数据库进行基因组序列的分析
2.6.2通过从Sanger中心查询基因组数据库进行基因组序列的分
2.7基于核酸序列对齐分析的功能预测
2.7.1基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析
2.7.2两条核酸序列之间的同源性分析
2.7.3核酸序列之间的多重比对分析及进化分析
2.8可读框架分析
2.8.lCDNA序列的可读框架分析
2.8.2基因组序列中的编码区/内含子结构分析
2.8.2.1断裂的真核基因
2.8.2.2真核基因外显子内含子连接区
2.8.2.3基因组序列的内含子/外显子分析
2.8.2.4CDNA序列与基因组序列的对齐及其显示
2.9基因启动子及其他DNA调控位点分析
2.10重复序列分析
2.10.lRepBaSe
2.10.2利用RepeatMaSker程序分析重复序列
2.1l引物设计
2.12向数据库中提交核酸序列
2.12.1EST序列的注册
2.12.2较长或全长CDNA序列的注册
2.13从IMAGE协作组索取相关克隆
第3章蛋白质序列分析实践
3.1蛋白质序列检索
3.1.l基于网络的序列检索
3.1.1.l从NCBI检索蛋白质序列
3.1.l.2利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列
3.1.2通过e-ma11进行序列检索
3.2蛋白质基本性质分析
3.2.1疏水性分析
3.2.2跨膜区分析
3.2.3前导肽和蛋白质定位
3.2.4卷曲螺旋分析
3.3蛋白质功能预测
3.3.1基于序列同源性分析的蛋白质功能预测
3.3.1.1基于NCBI/BLast软件的蛋白质序列同源性分析
3.3.1.2基于WU/BlaSt2软件的蛋白质序列同源性分析
3.3.1.3基于FASTA软件的蛋白质序列同源性分析
3.3.2基于m0t1L结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能白
3.3.2.1mOtlf数据库PROSITE
3.3.2.2PFOR1e数据库
3.3.2.3蛋白质序列的轮廓.Profi1e)分析
3.3.2.4HITS蛋白质结构域数据库
3.3.2.5InbrPrOSCan综合分析网站
3.3.2.6蛋白质的结构功能域分析
3.4蛋白质结构预测
3.4.l蛋白质结构资源
3.4.l.1PDB数据库
3.4.1.2NRL-3D数据库
3.4.1.3ISSD数据库
3.4.1.4HSSP数据库
3.4.1.5蛋白质结构分类数据库.SCOP)
3.4.1.6MMDB蛋白质分子模型数据库
3.4.1.7Dali/FSSP数据库
3.4.2蛋白质二级结构预测
3.4.3蛋白质三级结构预测
3.4.3.1与已知结构的序列比较
3.4.3.2同源模建
3.4.3.3穿针引线.threading)算法和折叠识别
3.5蛋白质分子进化分析
3.5.l蛋白质分类数据库.ProtoMap)
3.5.2蛋白质序列多重对齐分析及进化分析
第4章常用的生物信息学资源简介及其综台利用
4.1计算机服务/开发环境的构建
4.1.1程序开发语言
4.1.1.1C语言
4.1.1.2Perl语言
4.1.1.3pHp语言
4.l.2数据库工具
4.1.2.1MySQL数据库工具
4.1.2.2ACeDB数据库及管理工具
4.1.3网络服务器
4.1.3.1L1nux下的Apache网络服务器
4.1.3.2WmdOwS下的ApaChe网络服务器
4.1.4操作系统
4.1.4.1L1nux操作系统
4.1.4.2常用的L1nux命令
4.1.4.3Linux与W1ndowsNT/2000相比的几个技术优势
4.1.4.4Linux与Windows系统的集成
4.2Windows下的软件资源推荐
4.2.1软件的下载与安装
4.2.2文件管理软件-Windows commander
4.2.3文件下载-Net Vampire软件
4.2.4文件传输协议FTP命令
4.2.5建立FTP服务器-FTP SeV-U软件
4.2.6创建网站相关软件-Webzip软件
4.2.7图形处理软件-HyperSnap.
4.2.8远程登录/远程管理
4.2.8.1Telnet服务程序
4.2.8.2NetTerm远程登录软件
4.2.9压缩与解压缩工具
4.2.9.1压缩软件-Winzip.
4.2.9.2压缩软件-WinRAR
4.2.10超大文本编辑软件-UlbaEdit
4.2.1l程序集成开发环境-VisualBASlC
4.2.12网络浏览器-FastBrowser.
4.3生物信息学软件资源
4.3.1Windows环境下的生物信息学资源
4.3.1.1序列分析软件-DNAMAN
4.3.1.2综合序列分析软件-BioEdit
4.3.1.3VectorNTI
4.3.1.4引物设计软-oligo
4.3.1.5核酸序列分析软件-GeneTool
4.3.1.6蛋白质序列分析软件-PepTool
4.3.1.7序列分析软件-Lasergene99
4.3.1.8蛋白质三维分子结构显示软件-RasMol
4.3.1.9序列分析与管理软件-Omiga
4.3.1.l0序列多重对齐软件-ClustalW
4.3.2Linux环境下的生物信息学资源.
4.3.3Macintosh环境下的核酸和蛋白质序列分析
4.3.3.lMacOS的部分工具
4.3.3.2MacOs下的生物信息学分析资源
4.3.4综合生物信息学资源-生物软件网
4.4资源的综合利用:自建核酸和蛋白质序列分析平台
4.4.lWindows下Blast软件的本地化实现及其使用
4.4.1.1下载软件
4.4.1.2软件解压缩
4.4.1.3进行系统配置
4.4.1.4Blast软件的使用
4.4.1.5VisualBASIC程序接口设计及使用示例
4.4.2Linux系统下命令行方式Blast软件的安装与使用.
4.4.3含有Web界面的Blast系统的安装与使用
4.4.3.lLinux操作系统安装及局域网组建
4.4.3.2WEB界面Blast软件的安装
4.4.3.3检索用数据库的准备
4.4.3.4Blast软件的配置
4.4.3.5Blast分析环境的使用
4.4.4基于PC/Linux的核酸序列电子延伸系统.AutoCTG)的构建及其应用
4.4.4.1电子序列延伸的生物信息学策略
4.4.4.2程序设计
4.4.4.3系统需求
4.4.4.4体系性能的综合评价
4.4.4.5数据库预处理
4.4.4.6程序设计及用法
4.4.4.7人胎肝来源部分EST序列和较长cDNA序列的电子延伸分析
4.4.5基于PCTinux的核酸序列分析系统的构建及其应用
4.4.5.1本地化核酸序列大规模自动分析系统的构建
4.4.5.2本地化核酸序列大规模分析体系的使用
4.5实例分析:人ADP-核糖基化因子GTP酶活化蛋白基因的生物信息学分析
4.5.lcDNA序列分析
4.5.1.1EST序列的获得
4.5.1.2利用Blast软件进行序列相似性检索
4.5.1.3确定转录物大小
4.5.1.4全长cDNA序列的获得
4.5.1.5可读框架分析
4.5.1.6基因名称确定
4.5.2蛋白质序列分析
4.5.2.1基本性质分析
4.5.2.2功能位点分析
4.5.2.3结构功能域的确定
4.5.2.4序列多重对齐分析
4.5.3基因组结构分析
4.5.3.1染色体定位分析
4.5.3.2基因组结构确定
4.5.4小结
附录
常用词汇与缩略语表
参考文献