计算机辅助药物设计导论 第二版 作者:付伟 叶德泳 著 出版时间:2017年版内容简介 为了适应不同学科、不同层次的读者需要,本书深入浅出地介绍了计算机辅助药物设计的入门知识,包括药物作用的基本理论、药物设计的基本概念与方法、计算机辅助药物设计的化学信息学和生物信息学系统、理论计算基础、计算机辅助药物设计的主要策略方法和技术,重点讲解计算机辅助药物设计的意义、作用和基本研究方法,选用一些典型的成功案例,并介绍*新的国内外研究成果,反映学科发展。同时介绍了一些常用软件,提供化学和生物信息学资源,使本书兼具理论性和实用性。各章列出了参考文献和选读文献,供读者深入钻研之需。书末附有专业名词、软件名和药物名索引,便于读者参考学习。本书可作为综合性大学和医药院校本科生与研究生的教学用书,也可供有关科研人员参考。目录1药物设计的基本概念和理论基础/11.1药物的化学结构和特性21.2药物发现的途径与过程31.2.1药物的偶然发现与随机筛选51.2.2天然有效成分作为先导化合物51.2.3已有药物作为先导化合物61.2.4以药物合成中间体为先导化合物61.2.5组合化学方法产生先导化合物61.2.6合理药物设计71.2.7先导化合物的优化和成药性研究111.3药物作用的生物化学基础121.3.1蛋白质131.3.2核酸161.3.3酶191.3.4糖类221.3.5生物膜231.4药物作用的分子药理学基础241.4.1受体学说及药物-受体相互作用的方式和本质251.4.2药物-受体相互作用力的类型301.4.3立体因素对药物-受体相互作用的影响331.4.4药物-受体相互作用模型341.4.5以核酸为靶点的药物作用模型351.4.6药物与靶点作用的复杂性371.5药物的化学结构与生物活性的关系(SAR)391.5.1药效团、药动基团和毒性基团391.5.2药效构象411.6定量构效关系(QSAR)431.6.1线性自由能相关方法441.6.2Free-Wilson模型491.6.3分子连接性法50参考文献51进一步参考和选读文献512新药发现中的化学信息学和生物信息学/532.1药物研究中的信息处理552.1.1化学信息学在药物研究中的作用及应用552.1.2生物信息学在药物研究中的作用及应用562.1.3数据挖掘在药物研发中的应用572.2化学小分子的处理602.2.1化学结构的编码602.2.2分子结构的计算机表示622.2.3化学结构信息的存储652.2.4分子性质的表示672.2.5计算机分子模型技术及结构显示692.3分子相似性搜索702.3.1基本概念702.3.2相似度计算公式712.3.3分子相似性搜索的应用722.4合成反应信息处理和计算机辅助有机合成设计732.5生物大分子的信息处理742.5.1序列分析和比对742.5.2蛋白质结构预测752.5.3蛋白质功能预测752.6与新药研发相关的数据库762.6.1化合物数据库762.6.2化学信息数据库812.6.3药学信息综合平台832.6.4药物靶点数据库842.6.5中药数据库852.6.6药效团数据库862.6.7分子生物学数据库862.7信息计算新技术872.7.1集群计算882.7.2网格计算882.7.3云计算892.7.4信息计算新技术在医药行业中的应用90参考文献91进一步参考和选读文献923有关理论计算、技术和设备/953.1常用的计算类型963.1.1势能面963.1.2单点能973.1.3几何优化973.1.4分子性质计算983.1.5构象分析1013.2理论计算基础1043.2.1量子化学1053.2.2分子力学1103.2.3量子力学与分子力学相结合的方法(QM/MM)1133.2.4分子动力学模拟方法1153.2.5自由能计算1183.3数据统计分析方法1193.3.1模式识别法1203.3.2人工神经网络方法1223.4药物和生物大分子三维结构测定的实验方法和技术1233.4.1蛋白质三维结构的测定方法1233.4.2药物-蛋白结合位点的测定方法1263.4.3药物-蛋白结合和结合常数的测定方法127参考文献130进一步参考和选读文献1304计算机辅助药物设计的意义/1334.1计算机辅助药物设计的产生和作用1344.2计算机辅助药物设计的特征1364.2.1多学科交叉的前沿领域1364.2.2大量化学信息的计算机计算处理1374.2.3大量高技术软件产品的产生1374.3计算机辅助药物设计的评价和展望138参考文献138进一步参考和选读文献1395计算机辅助药物设计方法学 /1415.1直接药物设计1435.1.1活性位点分析1445.1.2基于靶点结构的三维结构搜寻1455.1.3全新药物设计1545.1.4蛋白结构预测1595.2间接药物设计1635.2.1基于药效团模型的药物设计与虚拟筛选1635.2.2基于配体相似性的虚拟筛选1675.2.33D-QSAR法1695.3计算机辅助药物设计新策略和新方法1775.3.1基于序列的药物设计1775.3.2基于片段的药物设计1785.3.3多靶点药物设计1865.3.4网络药理学1905.3.5反向对接1915.3.6组合化学与合理药物设计的结合策略193参考文献196进一步参考和选读文献1976先导化合物优化/1996.1从苗头到先导与先导化合物优化2006.2先导化合物优化的原则及策略2016.2.1配体效率与配体亲脂性效率2016.2.2类先导化合物性与三倍律2026.2.3先导化合物优化原则2036.2.4先导化合物优化基本策略2046.3化合物药效学性质的优化2056.3.1基于靶点结构的优化2056.3.2基于片段结构的优化2066.3.3基于配体结构的优化2086.3.4骨架跃迁2096.4化合物药动学性质的优化2126.4.1药代动力学的意义2126.4.2基于性质药物设计优化的目标2136.4.3成药性2136.4.4类药性与五倍律2146.4.5药动学性质的预测优化216参考文献217进一步参考和选读文献2187计算机辅助药物设计应用实例/2197.1基于靶点蛋白结构的药物设计案例2207.1.1抗流感病毒药物设计——基于唾液酸酶结构的药物设计2207.1.2AChE抑制剂的研究——基于AChE晶体结构的药物设计2227.1.3SARS病毒3CL主蛋白酶抑制剂的研究——基于同源蛋白结构的药物设计2317.2基于虚拟筛选的药物设计案例2337.2.15-羟色胺1A受体激动剂FW01的发现2337.2.25-羟色胺1A受体激动剂FW01的结构改造和优化2357.3基于药效团模型的药物设计案例2397.3.1非核苷类NS5B小分子抑制剂的研究——基于配体的药效团模型2397.3.2针对花生四烯酸代谢网络的抗炎药物研究——基于多靶点蛋白的药效团模型2427.4基于性质的药物设计案例2497.4.1抗疟疾药物代谢稳定性的性质预测2497.4.2代谢部位的预测步骤2507.4.3代谢部位的预测结果及分析2507.5基于片段的药物设计案例2517.5.1抗凋亡蛋白Bcl-2抑制剂的发现2517.5.2基于NMR的片段筛选和基于片段的Bcl-2抑制剂设计2527.5.3Bcl-2抑制剂先导化合物优化2547.6基于反向对接的靶点识别案例2557.6.1天然产物咖啡酰酪胺抗幽门螺旋杆菌作用新靶点肽脱甲酰基酶(PDF)的发现——作用靶点预测2557.6.2基于结构的系统生物学和反向对接验证吉非替尼的脱靶效应——不良反应预测257参考文献260索引264 上一篇: 全国卫生专业技术资格考试 2008 药学(士)考题分级解析 田燕 主编 2008年版 下一篇: 全国普通高等医学院校五年制临床医学专业 十三五 规划教材 核医学 王雪梅 2016年版